Prosjektnummer
901671
Gir PMCV primært en infeksjon av laks?
Prosjektet bygger på hypotesen om at viruset som forårsaker kardiomyopatisyndrom (CMS), piscint myocarditt virus (PMCV), ikke primært gir en infeksjon av laks. PMCV tilhører familien Totivirus hvor virusene infiserer encellede dyr og sopp. Det er en rekke faktorer som indikerer at PMCV primært infiserer en annen organisme (encellede dyr og sopp) som igjen er relatert til laks. Virus og vertsceller har gjennom millioner av år utviklet seg sammen og er nøye tilpasset hverandre. Alle virus formerer seg intracellulært og selekteres for interaksjoner med de proteiner og intracellulære responser som viruset møter. Dersom hypotesen er korrekt, betyr det at PMCV ikke alene er etiologisk årsak til CMS. Dette vil ha stor betydning for overvåkning av sykdommen og utarbeidelse av biosikkerhetstiltak for å begrense PMCV og derved utbrudd av CMS.
Hovedmål
Å teste hypotesen om at CMS-viruset PMCV ikke primært gir en infeksjon av laks.
Delmål
• Å undersøke hvilke celler finnes PMCV i laks i ulike sykdomsstadier.
• Å undersøke hvilke andre organismer finnes i laks med CMS/ PMCV infeksjon.
Å teste hypotesen om at CMS-viruset PMCV ikke primært gir en infeksjon av laks.
Delmål
• Å undersøke hvilke celler finnes PMCV i laks i ulike sykdomsstadier.
• Å undersøke hvilke andre organismer finnes i laks med CMS/ PMCV infeksjon.
På tross av at dette er et lite prosjekt, kan det ha betydelig næringsnytte. Dersom PMCV primært er en infeksjon av en organisme som er forbundet med eller infiserer laks, vil dagens strategi hvor det fokuseres på tiltak og forebyggende arbeid er rettet mot forekomst av PMCV, ikke lykkes. Det inkluderer at mye av eksisterende forskning og utarbeiding av spesifikke vaksiner mot CMS basert på PMCV vil ha feil fokus. Effektive spesifikke tiltak mot en sykdom fordrer at etiologien er kartlagt. Dette prosjektet er et forsøk på å avklare dette.
Prosjektet har to arbeidspakker (AP-er):
AP 1: I hvilke celler hos laks i ulike sykdomsstadier finnes PMCV?
Partner Pharmaq Analytiq vil være behjelpelig med å finne produsenter som kan levere fisk med mistenkt CMS og hvor fisk i anlegget vil være i ulike stadier av CMS. Det vil bli tatt prøver (organpakke) fra fisken og disse vil fikseres for henholdsvis histologiske undersøkelser/in situ hybridisering og for RNA/DNA-undersøkelser. Materiale vil “hjertescores” av Pharmaq Analytiq. og prøver med ulike verdier på scoringsskalaen vil benyttes til in situ hybridisering. RNAscope in situ hybridisering mot PMCV vil utføres ved NMBU. Metoden er svært sensitiv og vil vise hvilke celler, og hvor i cellen man kan finne PMCV. I metodeetablering det være nært samarbeid med det FHF-finansierte prosjektet “Røde flekker og overgang til svarte flekker i laksefilet” (FHF-901501), hvor metoden er godt etablert. En karakterisering av celletype utover morfologiske karaktertrekk vil kreve en in situ hybridiseringsmetode for flere mål samtidig, en metode som er etablert ved viruslaboratoriet på NMBU. Gener som er spesifikke for den enkelte celletype vil benyttes.
AP 2: Hvilke andre organismer finnes i laks med CMS / PMCV infeksjon?
DNA vil ekstraheres fra prøver fra ulike organer som er undersøkt ved hjelp av in situ-hybridisering, og testes for tilstedeværelse av andre organismer ved hjelp av DNA-strekkoding og/eller NGS (“next generation sequencing”)-sekvensering. DNA-strekkoding baserer seg på PCR-amplifisering av konserverte gener, sekvensering av disse og undersøkelse av dette opp mot eksisterende referansebibliotek. DNA-strekkoding er et effektivt verktøy for kartlegging av biologisk mangfold. Undersøker man med DNA-strekkoding for prøver tatt fra organ fra laks vil prøvesvaret domineres av sekvenser fra laks. Dette kan reduseres ved å benytte resultatene fra in situ for å undersøke de områdene hvor det er mest PMCV, ekstrahere DNA fra slike områder for å bruke det i DNA-strekkoding og i NGS. Finner man andre mulige vertsorganismer for PMCV vil vi etablere en in situ for å etterprøve om det er sammenfallende lokalisering av PMCV og mulig vertsorganisme. For å undersøke om det finnes PMCV-spesifikke antistoffer i lakseserum vil det benyttes et kule-basert immunoassay som vil coates med capsidprotein fra PMCV. Dette vil være tilgjengelig fra NorBio hvor prosjektgruppen i et tidligere samarbeid har laget rekombinante såkalte virus-like particles (VLP-er) ved ekspresjon av capsidproteinet til PMCV i planter.
Formålet med formidlingen er:
1) øke kunnskap til næringen, dvs målgruppen er fiskehelsehelseansvarlige/personell og andre biologer i selskapene, og
2) nasjonal og internasjonal publisering for å fremme vitenskapelig spredning og samarbeid
Dette vil oppnås ved presentasjoner på nasjonale møter som Havbrukskonferansen/Frisk Fisk samt internasjonale fiskehelsemøter som EAFP. Det vil publiseres i nasjonale oppdrettsrelaterte tidsskrifter og nettsider. Det vil publiseres minst to vitenskapelige artikler i relevante internasjonale vitenskapelige tidsskrifter med fagfellevurdering, helst med åpen tilgang. Prosjektet/resultater vil presenteres på relevante internasjonale konferanser.
1) øke kunnskap til næringen, dvs målgruppen er fiskehelsehelseansvarlige/personell og andre biologer i selskapene, og
2) nasjonal og internasjonal publisering for å fremme vitenskapelig spredning og samarbeid
Dette vil oppnås ved presentasjoner på nasjonale møter som Havbrukskonferansen/Frisk Fisk samt internasjonale fiskehelsemøter som EAFP. Det vil publiseres i nasjonale oppdrettsrelaterte tidsskrifter og nettsider. Det vil publiseres minst to vitenskapelige artikler i relevante internasjonale vitenskapelige tidsskrifter med fagfellevurdering, helst med åpen tilgang. Prosjektet/resultater vil presenteres på relevante internasjonale konferanser.