Enkelte eldre prosjekter i databasen, særlig fra før år 2008, kan fremstå med mangelfull informasjon på grunn av overgang til nytt nettsted. Vi jobber fortløpende med forbedringer, skulle du oppdage feil, ikke nøl med å ta kontakt med prosjektansvarlig hos oss.
Prosjektnummer
Efficient combination of QTL detection and introgression schemes in aquaculture
Sammenliknet med tradisjonell seleksjon var genomisk seleksjon mer effektiv i forhold til å øke forekomsten av gunstige genvarianter, uavhengig av om de stammet fra mottaker eller donorpopulasjonen. I tillegg økte den genetiske gevinsten med mer effektiv seleksjon innenfor den kryssede populasjonen, slik at videre tilbakekryssing med mottakerpopulasjonen kunne stoppe på et tidlig stadium.
Sammenliknet med tradisjonell seleksjon ga innkryssing ved hjelp av genomisk seleksjon en tilbakekryssingspopulasjon som var økonomisk konkurransedyktig i forhold til den samlede økonomiske avlsverdien, til tross for en betydelig andel donoralleler.
Med tradisjonell seleksjon ble den kryssede populasjonen nesten helt tilbakekrysset med mottakerpopulasjonen, noe som førte til nesten fullstendig fjerning av de nylig innkryssede genvariantene (både gunstige og ugunstige).
I den andre delen av studien ble det antatt at den gunstige varianten av det viktigste genet bare fantes i donorpopulasjonen, og at dette genet forklarte ⅔ av den totale genetiske variasjonen i denne populasjonen. Den gjenværende ⅓ av den genetiske variasjonen ble forklart av flere mindre gener. Egenskapen var ikke målbar hos seleksjonskandidatene (motstandsdyktighet mot sykdom).
Tradisjonell seleksjon var i stor grad ineffektiv når det gjaldt å bevare den ønskede genvarianten gjennom tilbakekryssingsfasen, og forekomsten av den gunstige genvarianten avtok fra gjennomsnittlig 23 % til 5 % over 5 generasjoner. Den gunstige genvarianten gikk faktisk tapt i ~60 % av tilfellene.
Med genomisk seleksjon steg forekomsten av den gunstige genvarianten til 32 % til tross for tilbakekryssing, og den gunstige genvarianten gikk bare tapt i ~10 % av tilfellene. Følgelig ser man at genomisk seleksjon effektivt tar opp ukjente, gunstige genvarianter fra både donor- og mottakerpopulasjonene, mens tradisjonell seleksjon er ineffektiv når det gjelder å ta opp genvarianter fra donorpopulasjonene. Dette gjelder særlig egenskaper der fenotypene ikke kan måles hos seleksjonskandidatene, for eksempel motstandsdyktighet mot sykdom. Dette førte til at den genetiske gevinsten var generelt høyere for genomisk seleksjon.
Genomisk seleksjon er en effektiv metode for å finne individer med ønskede genvarianter for ulike egenskaper. I løpet av få generasjoner er det mulig å utvikle en populasjon med innkryssede fremmede genvarianter som fortsatt opprettholder et høyt genetisk nivå for de egenskapene som allerede inngår i avlsmålet.
Det sistnevnte er viktig for lønnsomheten i produksjonen. Genomisk seleksjon forutsetter tilgang på informasjon om genetiske markører tett fordelt over hele genomet, og nøyaktigheten øker med økende antall genetiske markører.
Dette prosjektet har ved hjelp av databasert simulering utviklet og validert metoder for simultan deteksjon og innkryssing av markører koblet til genet som skal innkrysses, samtidig som den genetiske responsen og den samlede økonomiske avlsverdien har blitt maksimert.
Fordelene med denne metoden er
1. kort tid mellom deteksjon og innkryssing av markører koblet til genet
2. fleksibilitet når det gjelder vekten som tillegges den nye egenskapen og de andre egenskapene i avlsmålet
3. reduserte kostnader til genotyping på grunn av simultan deteksjon og innkryssing av markører koblet til genet og
4. at effekten av genvariantene på mottakerpopulasjonen blir umiddelbart kjent og konstant overvåket.
Et av de mer ekstreme tilfellene som ble undersøkt var potensialet for genomisk seleksjon ved bruk av et stort antall genetiske markører fordelt over hele genomet. Dette alternativet krever ingen forhåndskunnskaper om eksistensen, plasseringen eller effekten til potensielle målgener. Dessuten er det ikke nødvendigvis slik at genomisk seleksjon reduserer mengden donorgener til et minimum, men heller slik at prosessen søker å øke forekomsten av alle gunstige genvarianter som påvirker egenskapen. Denne metoden egner seg derfor godt for egenskaper som påvirkes av mange gener med liten effekt, noe som er tilfellet for de fleste egenskaper, og som var temaet i et første arbeid angående innkryssning av nytt genetisk materiale med genomisk seleksjon.
I neste arbeid ble det antatt at ett stort gen påvirket egenskapen sammen med mange små gener. Genomisk seleksjon ble sammenliknet med tradisjonell seleksjon.